为了具体落实《中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》财政部和国家税务总局联合发出通知，从99年10月1日开始执行新的税收优惠政策。这些新的优惠政策必将对我国软件产业的发展起到巨大的推动作用。
关于增值税，《通知》规定：
1、一般纳税人销售其自行开发生产的计算机软件产品，可按法定17％的税率征收后，对实际税负超过6％的部分实行即征即退。
2、属生产企业的小规模纳税人，生产销售计算机软件按6％的征收率计算交纳增值税；属商业企业的小规模纳税人，销售计算机软件按4％的征收率计算交纳增值税，并可由税务机关分别按不同的征收率代开增值税发票。
3、对随同计算机网络、计算机硬件、机器设备等一并销售的软件产品，应当分别核算销售额，如果未分别核算或核算不清，按照计算机网络或计算机硬件以及机器设备等的适用税率征收增值税，不予退税。
4、计算机软件产品是指记载有计算机程序及其有关文档的存储介质（包括软盘、硬盘、光盘等）。对经国家版权局注册登记，在销售时一并转让著作权、所有权的计算机软件征收营业税，不征收增值税。
关于营业税，《通知》规定：
1、对单位和个人（包括外商投资企业、外商投资设立的研究开发中心、外国企业和外籍个人）从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询，技术服务取得的收入，免征营业税。
2、免征营业税的技术转让、开发的营业额为：
①以图纸、资料等为载体提供已有技术或开发成果的，其免征营业额为向对方收取的全部价款和价外费用。
②以样品、样机、设备等货物为载体提供已有技术或开发成果的，其免征营业额应包括货物的价值。对样品、样机、设备等货物，应当按有关规定征收增值税。转让方（或受托方）名分则反映货物的价值与技术转让，开发的价值，如果货物部分价格明显偏低，应按《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第16条规定，由主管税务机关核定计税价格。
3、免税的审批程序
①纳税人从高技术转让、开发业务申请免征营业税时，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，再持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明到当地省级主管税各机关审核。
外国企业和外籍个人从境外向中国境内转让技术需要免征营业税的，需提供技术转让或技术开发书面合同、纳税人或其授权人书面申请以及技术受让方所在地省级科技主管部门审核意见证明，给省级税务主管部门机关审核后，层报国家税务总局批准。
②在科技和税务部门审核批准以前，纳税人应当先按有关规定交纳营业税，待科技、税务部门审核后，再从以后应纳的营业税款中抵交，为以后一年内未发生应纳营业税的行为，或其应纳税款不足以抵顶免税额的，纳税人可向税务机关申请办理退税。
关于所得税，《通知》规定：
软件开发企业实际发放的工资总额，在计算应纳税所得额时准予扣除。
关于进出口税，《通知》明确规定：
对企业（包括外商投资企业、外国企业）为生产《国家高新技术产品目录》的产品而进口所需的自用设备及按照合同随设备进口的技术及配套件、备件，除国家有文规定的不予免税的进口商品外，免征关税和进口环节增值税。
对企业（包括外商投资企业、外国企业）引进属于《国家高新技术产品目录》所列的先进技术，按合同规定向境外支付的软件费，免征关税和进口环节增值税。
列入科技部、外经贸部《中国高新技术商品出口目录》的产品，凡出口退税率未达到征税率的，经国家税务总局核准，产品出口后，可按征税率及现行出口退税管理规定办理退税。
